Le musée des Beaux-arts de Nancy est créé le 16 mai 1793. Installé dans la chapelle de la Visitation, ses premières collections sont tout d'abord constituées à partir de saisies faites au clergé et aux émigrés. En 1801, Nancy accueille l'un des quinze musées de province créés à la demande du Premier consul et voit son fonds s'enrichir d'œuvres d'art provenant des collections nationales du Louvre. Le musée est transféré place Stanislas dans un pavillon du XVIIIe siècle alors occupé par le collège de médecine.

Le musée s'agrandit une première fois en 1936 suite aux travaux réalisés par Jacques et Michel André. En 1999, l'architecte Laurent Beaudouin offre de nouveaux espaces au public : des salles d'exposition temporaire, un auditorium, un cabinet d'art graphique, un centre de documentation, un atelier pour les enfants. En 2011, les travaux menés par Luca Lotti portent sur l'éclairage et l'accessibilité : ils accompagnent la mise en place d'un nouveau parcours muséographique intégrant une salle consacrée à l'œuvre de Jean Prouvé.

A partir de la seconde moitié du XIXe siècle, le musée mène une politique d'acquisitions active, complétée par des legs et des donations. L'enrichissement actuel des collections s'effectue grâce à l'appui de l'État, de mécènes privés et au soutien de l'association Emmanuel Héré. Le musée accueille également des dépôts provenant des musées nationaux.

Le soutien apporté par le mécénat et le partenariat d'institutions privées permettent de financer certaines opérations d'envergure (expositions, restaurations…). L'association des amis du musée Emmanuel Héré créée en 1988 entretient des relations privilégiées avec l'institution. Outre un accès gratuit au musée, elle propose à ses membres de nombreuses activités : conférences, visites, concerts, voyages…

L'activité du musée s'articule autour de ses principales missions : programmation et réalisation d'expositions organisées par le musée, prêts d'œuvres aux expositions partenaires, chantiers de restauration, acquisitions d'œuvres, activités éducatives et de médiation (visites, conférences, ateliers…), publications (catalogues…). En 2011, les équipes de médiation du musée des Beaux-arts, du musée Lorrain, du musée de l'École de Nancy et de la Villa Majorelle, sont rassemblées au sein d'un service des publics mutualisé des musées de la Ville de Nancy.